据介绍，大学城的选址工作是从2000年8月开始的，时任广州规划局局长的施红平带领规划师们先后到白云、天河、从化等地，现场考察踏勘了近20个地块，为大学城选择最佳新址。　

　　经过一番比较，并考虑到日后与五山高校区的协调发展，当时专家们倾向于在天河龙眼洞建设新的大学城，但是随着高校扩招的逐年推进，龙眼洞面积已明显捉襟见肘，这一方案最终被搁置。

　　2000年恰逢广州行政区划作出重大调整，番禺、花都撤市建区，这为新大学城的选址提供了更广阔的空间。根据园区的用地规模和区位要求，广州市规划局最后拟定了4个备选地点方案：花都区狮岭镇马岭水库周边；花都区花山镇新庄水库和花东镇蟾蜍石水库两侧；番禺区小谷围岛；番禺区化龙中部地带。

　　在向广州市政府提出的大学城选址方案比较报告书中，广州市规划局重点推荐了番禺小谷围。他们认为，小谷围岛在4个方案中离广州市区最近，且相对独立。岛上风景优美，交通便利。与生物岛、琶洲会展中心、广州科学城邻近，产业布局较理想，选址在小谷围岛，可参与形成城市高新技术串联区。